平靜的住宅區街上發生前黑道成員 畠山的殺人案件。負責此案的搜查一課七系合田雄一警官(上川隆也)，追查畠山生前的行跡卻掌握不到線索。一段時間過后, 發生了法務部官員松井(矢島健一)被殺害事件，因傷口和畠山事件非常類似，讓此事件往連續殺人案件發展。
但是警方上層下達了不可「共同搜查」這個另人費解的命令。合田向大學時的同學也是前妻哥哥的東京地檢檢查官 加納(石黑賢)要求說明理由，但卻遭到他以「服從上級命令」為由拒絕，讓合田的搜查陷入困境。
另一方面，從醫療監獄出獄的謎樣青年 水澤(高良健吾)，寄住于護士女友真知子(戶田菜穗)家中，卻時常感覺到「黑暗之山」這句話背后有某種秘密的含義。
「周刊潮流」的記者根來(小西真奈美)，原本要采訪建設公司社長佐伯(佐野史郎)的收賄嫌疑，編集長瀧澤(相島一之)卻命令她去追查畠山殺人案件。