紙箱戰機WARS 故事時間設定在2055年，手掌大小的小型機器人LBX成為世界最流行的玩具，而“神威大門統合學園”則是一所集結了優秀LBX玩家的謎之學園。瀨名新和星原光是剛剛轉學到這裡的新生，在這裡等待他們的是建設在學園地下的巨大競技場，每逢放學同學們都在這裡進行著決鬥，當自己的LBX被完全破壞之時，也就是從“神威大門統合學園”退學的時候。這是一所進行模擬世界戰爭，主角們被編為假想國，在地下競技場“第2世界”進行戰鬥......