故事講述一名普通的高中二年級生五河士道，突然在某一天遇上了一場大爆炸，而在這場大爆炸之中竟然出現一名身穿盔甲手持大劍的神秘美少女。這名少女的正體是“精靈”，是會給世界帶來災難的存在，而這名少女也正遭到精靈對抗部隊（アンチスピリットチーム，通稱AST“Anti-spiritTeam”）的攻擊。于是，有著會去幫助有困難、悲傷的人的溫柔性格的士道，主動提出要與精靈進行交涉的任務。隨后，士道發現了自己擁有的特殊體質！那就是通過接吻，來吸收并封印精靈的力量，并且將精靈受到致命傷恢復再生的能力。