江戶時代末期（本作的20年前），被稱為“天人”（あまんと）的謎之異星人來襲。于是地球人與天人之間的戰爭瞬即爆發，為數眾多的武士和攘夷派志士都參與與天人的戰斗。幕府見識到天人強大的實力后，最終向天人低頭，放棄武士不管，擅自與天人簽訂不平等條約，準許他們入國。其后更頒布了“廢刀令”，奪走了武士的刀，使他們無力反抗。自此，天人橫行霸道，幕府為天人所影響，甚至被控制，成為了“傀儡政權”。在這樣的時代，有一個落魄，但是卻一直貫徹自己武士道的男人與同伴的生活的故事。

　　也有人稱萬事屋銀魂的誕生源于作者和編輯的一次激烈爭執，編輯希望空知英秋搭上時下熱門題材“幕未新撰組”的順風車，但空知英秋卻一心想畫幻想漫畫，在爭執不下的情況下，空知英秋終于爆發了，大喊：“那就他媽的讓新撰組和外星人對打吧！”——于是《銀魂》就誕生了。　坂田銀時所經營的萬事屋。號稱做萬事其實萬事不做的“事務所”。天人掌權后武士沒落，身為武士的銀時為了維生而建立萬事屋，接受他人的請求；只要付錢，什么工作都會做（前提是不違背他的武士道）。