公元2500年，由于地球兩極冰層融化，世界變得汪洋一片，人們只有在水上生活。一名孤獨的海行者來到了浮島阿托爾，用一罐泥土交換水和番茄苗。在那個時候，泥土是極其珍貴的東西。正當他準備離開時，他和島上的人發生了沖突。島上的居民發現他是一個長著鰓和蹼的變體人，把他關了起來。
正當島上居民要處死海行者時，阿托爾受到了海盜“煙民”的襲擊。海倫和她的養女伊蘿娜沒有能趕上老人維格的氣球逃生，于是救出了即將沉入泥漿池的海行者，要求他帶她們逃出阿托爾。海行者靠著他過人的機智勇敢和那艘神奇的帆船沖出了阿托爾，并巧妙地誘使“煙民”的重型火力擊毀了他們的旗艦。匪首迪肯失去了一只眼睛，他發誓要報復海行者。
“煙民”進攻阿托爾的目的是為了尋找小女孩伊蘿娜。在她的背上刺有一幅標明著神秘的傳說中的陸地方位的地圖。為此她不斷受到迪肯的追捕。
在帆船上，海行者和海倫母女倆一開始并不友好。但在日夜兼程的航行和與“煙民”不斷斗爭中，他們的關系也逐漸變得團結和睦了。為了證明陸地已不存在，海行者帶著海倫來到海低世界，向她展示了被淹沒的古老城市。
在他們浮出水面時，他們受到了迪肯的襲擊。伊蘿娜被抓走了，帆船也被燒毀。這時，海行者卻從伊蘿娜的畫中確定了陸地的存在。
海行者和海倫被維格的氣球所救。由于阿托爾的幸存者們拒絕提供幫助，海行者只能獨自前往煙民的大本營 —— 一艘巨大的油輪殘骸去找迪肯算帳。經過一番激烈的博斗，海行者終于摧毀了煙民的大本營，救出了伊蘿娜。匪首迪肯也得到了他應有下場。
依據伊蘿娜背上的地圖，海行者和海倫等人終于乘著氣球到達了陸地。然而海行者卻認為自己并不屬于這里，他獨自投到大海的懷抱，揚帆遠去。