她以為“他們”已經受到了控制，她以為獲得了自由，但是，她錯了……
故事以《生化危機1》的最后一組場景作為開始：艾麗絲(米拉·喬沃維奇飾)被強制休眠了很久，終于悠悠轉醒，卻發現自己最擔心的事已然變成現實--嗜殺成性的活死人僵尸遍布Raccoon城。很快，艾麗絲意識到，在“保護傘”化學公司的秘密研究基地“沉睡”的這段時間里，她在無意識的情況下成為了科學家研究生物遺傳學的實驗品，這賦予她全新的力量和靈敏性，正是這些艾麗絲不甚熟悉的新技能保全了她的性命。
除了艾麗絲，還有那么一小撮人未受病菌感染，領導他們的是吉爾(希艾娜·蓋爾利飾)和卡洛斯(奧德·菲爾飾)，兩人都曾是“保護傘”公司特警隊伍中的精英份子，可是現在，他們連自身都難保，眼看著圍困自己的活死人越集越多……艾麗絲適時地伸出緩手，三人終于逃離了“保護傘”公司，然而，Raccoon城的每一個角落仍然暗含著無法預知的危險。
艾麗絲從吉爾和卡洛斯口中知曉，三人惟一存活的契機在查爾斯博士(埃德·哈里斯飾)身上--他是“保護傘”公司主要的科學家之一。查爾斯博士答應可以幫助艾麗絲和其他幸存者逃離這個正在死去的城市，但前提是：找到他走散的小女兒安吉(索菲·瓦瓦蘇飾)，這個小女孩和父親分開之后，因為恐懼而躲藏在城市的某處。艾麗斯、吉爾和卡洛斯不得不再次面對可怖的活死人，找到安吉后方能一起尋求生的希望。