話說在紐約市的下水道之中住著四只功夫高強的忍者龜，它們跟隨著忍者師父—一只來自日本的超級大老鼠。一次偶然機會，它們救了一名正義的電視女記者，她也成為了唯一知道忍者龜藏身處的人。在多次行俠仗義后，他們與城市里的一個神秘組織結怨。這個組織招募了很多無知的青少年，教他們功夫，同時也指示他們做壞事。 　　在神秘組織的一次突襲后，由于寡不敵眾，忍者神龜受了重傷，同時，他們的老師也被這個神秘組織抓去。 　　這個時候，女記者的上司又抱怨兒子經常夜不歸宿。原來他也已經參加了那個組織。而在看到神秘組織領導對待老鼠老師的兇殘后，少年跑來通知了忍者龜，并告訴了他們神秘組織的藏身地。而老鼠老師這個時候也聽出，那個總是戴著面具的神秘組織頭目，就是多年前在日本殺死自己主人的壞蛋。最終，忍者神龜們齊心合力，救出了自己的老師，徹底粉碎了神秘組織，而他們，也成為了少年們心中的英雄，成為了他們的新偶像。