《建元風云》描述了從忽必烈為視角，全景式展現元朝建立的全過程，向觀眾展示元太祖忽必烈波瀾壯闊的一生：大汗蒙哥在釣魚城下逝世后，正在征伐南宋的忽必烈采取緩兵之計，與賈似道議和后匆匆撤軍北返，于1260年在開平稱汗，而且在儒臣劉秉忠等人的建議下，建立了中原王朝和蒙古汗國相結合的國體，建年號為中統，意為中華一統之意。隨后他削平部分蒙古貴族和漢世候的叛亂，最終消滅南宋，徹底實現了承襲華夏大一統王朝的建元風云理想……

《建元風云》忽必烈自幼時就被成吉思汗認可，稱必成大器。忽必烈自小善良，長大為蒙哥獻計獻策，可蒙哥卻聽信讒言，認為他懷有二心。于是，削奪其治理中原之權，命其征吐蕃和云南大理。忽必烈逐漸消滅云南大理國、議和南宋。于1260年在開平稱汗，稱大蒙古國可汗。并在儒臣劉秉忠等人的建議下，建立了中原王朝和蒙古汗國相結合的國體。公元 1215 年，忽必烈出生在危機四伏的蒙古草原。此時，窩闊臺（忽必烈的三伯父）的妻子脫列哥那視忽必烈的父親托雷為阻擋在她取得權利之路上的最大阻礙。隨著托雷戰功越來越大，脫列哥那對自己的丈夫窩闊臺能否接替成吉思汗成為蒙古的大汗越來越擔憂。《建元風云》而備受成吉思汗喜愛的忽必烈更加劇了她心中的不安。 年少的忽必烈顯示出種種與眾不同的氣質。父輩的爭權奪利似乎還沒對他產生什么影響。忽必烈甚至與馬官小女兒林云產生了美好的情愫《建元風云》。