黑衣人3影片主要講述了反派角色Yaz想要回到過去殺死Kay探員，隨之發生了一系列難以想象的事件。威爾·史密斯扮演的Jay探員也回到了1969年，與年輕時代的Kay執行任務，共同阻止Yaz毀滅這個世界。在上一集J（威爾·史密斯 Will Smith 飾）重新召回K（湯米·李·瓊斯 Tommy Lee Jones 飾）作為搭檔之后，時間又過去了許多年，但是外星人對地球的覬覦卻一直沒有停歇。而且J還了解到了K已經死了四十多年。無論未來如何發展，K都和外星人入侵地球有著千絲萬縷的聯系。而且這段時間，J了解到是一個叫做鮑里斯（杰梅奈·克萊門特 Jemaine Clement 飾）的外星罪犯在1969年干掉了當時還沒有太多經驗的K（喬什·布洛林 Josh Brolin 飾）。而在四十多年后，這個鮑里斯就成為了地球最大的威脅。而為了阻止鮑里斯的計劃，J只有穿越回1969年，去拯救年輕版的K。　　刻不容緩，時不我待。J的穿越時間只有24小時，否則他將被永遠困在1969年。他能順利完成計劃，解救出1969年的K并挽救地球么？看來這兩個好搭檔又要和前兩集一樣，重新開始認識對方并在地球上經歷一場難忘的“追兇之旅”了。