尼奧在母體中蘇醒過來，此時他正失陷于母體中，身體與思想處于分離狀態。他在火車站遇到神秘流浪漢，隨后一同搭乘火車。在火車上流浪汗詳細告知了尼奧救世主身份的來龍去脈。與此同時，錫安的居民們正在與機器做殊死的搏斗。冒進的戰略思想導致他們首輪既遭重創。戰后會議之后，墨菲斯和崔妮蒂尋找到了失蹤的奈爾碧，并得知了尼奧的情形。　　他們一起返回錫安，墨菲斯等人帶著尼奧的身體重新進入通訊層去見先知。先知告知他們必須通過地獄，才能從公爵手里救出尼奧。同時還暗示了帕瑟芬與公爵同在一處，并安排了他的保鏢六翼天使協同作戰。 錫安的情況已經十分危急。兩個小時之后，機器的主力部隊即將兵臨城下。　　在地獄深處，前去營救尼奧的一乾人等，遇到了老對手雙子星。一場惡戰，六翼天使陣亡。在帕瑟芬的幫助下，成功除掉了公爵。但是錫安的情形卻沒有好轉。尼奧獲救后，立即履行救世主的義務，除掉作惡多端的雙子星。與先知的會面，他清楚了人類與機器已經維系在一起。而特工史密斯則是系統最大的威脅。　　 崔妮蒂在隨后的戰役中不幸喪生，如此復雜混亂的局面，先知也無法預言最后的結局。系統本身更是矛盾重重，尼奧只能依靠自己的判斷決定人類與機器的命摺�