在上一集中本為自己家族昭雪後，本就一直在秘密追踪著一個神秘人物，這個神秘人物與上集中在秘密記事本中出現的數字47有著密切的關係，關於這個數字的種種猜測在這一集中也得到了最終的解答，47並不是筆記頁數，也不是某一屆總統的家族秘史，而是代表了美國的另外一個秘密組織，與51區般同樣神秘無比的47號能源實驗室……
該實驗室一直致力於研究新型能源，實驗室存在的時間是一個連秘密記事本中都沒有記載的謎，某天實驗室收集到了數顆神秘的星石，一種未知的新能源物質，在這種神秘星石的幫助下，實驗室對於新能源的相關研究也因此一日千里，然而變故也因此突生！本在筆記中所看到實際上是一個交接給新任總統的秘密任務“找出並帶回被實驗室出逃人員所帶走的神秘星石”，任務成敗關係到這種能源的應用危機，如果該星石被別有用心之人應用於武器製造，將可能會帶來波及全球的毀滅性災難。
此外，神秘星石的真相也一直困擾著本，而本又無法從政府部門得到更為確切的信息，因此，在秘密追踪出逃研究人員的同時，本也在靜悄悄的進行著各種相關研究調查工作，最終，本依靠萊利等人的幫助，在復活節島得到了一個重要的線索——“伊卡黑石”，雖然伊卡黑石本身並不是神秘的星石，但是卻給本指明了方向，新能源竟然與傳說中的亞特蘭蒂斯文明有著千絲萬縷的聯繫！
亞特蘭蒂斯的神秘不僅僅在於它的突然消失，更在於他們對史前文明神秘能源的應用，隨著本的調查的深入，他發現這一個超文明在正是因為能源系統異常爆炸的緣故，才至使巨大的亞特蘭蒂斯大陸沉沒，亞特蘭蒂斯文明也因此隕落。然而，本也發現亞特蘭蒂斯人似乎依然有跡可循，究竟逃走的神秘研究的人員是何許人也？為何他要帶走全部的星石逃到復活節島？異國的間諜份子也在暗中行動，各方人馬都在集結，一切行動都在黑暗中緊鑼密鼓的展開了……