一年后，因修養而暫時離職的瀨文重新回到未詳，但在未詳等待他的卻是代替被降職的野野村的市柳（でんでん），以及從組織犯罪對策部調職而來的吉川（北村一輝）。數日后，未詳接到了一件奇特的殺人案。光天化日之下發生了機關槍殺人案，幸存者是一名女高中生。據她所說，兇手全身黑色裝扮，并用瞬間移動逃走了。并且疑似參加槍戰人員的照片中，出現了覺（真野恵里菜）的身影。當麻認為，SPEC擁有者的爭奪戰已經暴露在大眾面前。她便立刻前往幸存者久遠望（谷村美月）所在的醫院進行調查……