惑星改造により生まれた水の惑星、「アクア」。
その観光都市ネオ·ヴェネツィアで皆が憧れる職業は、
ゴンドラを操りウンディーネと呼ばれる水先案內人です。
15才の少女、水無燈裡（みずなしあかり）はウンディーネになることを夢見て、
マンホームからアクアにやって來ました。
その燈裡が日々修業に勵むのは、譽も高い水の３大妖精のひとり、
アリシア·フローレンスが経営する水先案內店「ＡＲＩＡカンパニー」。
姫屋の藍華や、オレンジぷらねっとのアリスと一緒に、悩んだりすることもあるけれど、
プリマ·ウンディーネを目指してがんばっています。

《水星領航員》TV第三季，從英文副標題“ The ORIGINATION”可以推測出一些第三季的主題，ORIGINATION有起源的意思，那很有可能我們將在第三季中看到AIRA公司誕生的全過程呢。