在遙遠的未來，銀河系邊緣的堤拉茲惑星是一個只有男人而沒有女人的殖民星球。原來人類在移民的途中飛船發生事故，最後只有六位男性倖存了下來。現在堤拉茲惑星上的人都是這六位人類男性利用生物技術留下的後代，他們分別住在由遺傳了這六人細胞和記憶的克隆人領導的六個國家裡。為了取代女性的作用，人們以人類女性為參照製造了機械人偶。住在日本國的間宮小樽由於機緣巧合喚醒了三位帶有少女迴路的機械女神萊姆、櫻桃和紅莓，在他的關愛下，三位人偶的少女迴路不斷成長，而小樽也逐漸了解到三人身上所帶的少女迴路的真正含義……