上篇中，夜神月（藤原龍也飾）設計除掉了女友和跟蹤自己的FBI的探員，趁機混進了調查本部，但是，L（松山健一飾）對他的懷疑并沒有結束，新一輪的智力游戲繼續進行。
與死神硫克個性迥異的死神雷姆把另外一本“死亡筆記”扔到人間，得到它的是極度崇拜“基拉”的少女彌海砂（戶田惠梨香飾），她還以一半性命為代價得到了夜神月所沒有的死神之眼。并主動和夜神月聯系，答應協助他除掉L，條件是讓月做自己的男朋友。聰明的L先發制人，將彌海砂關進了基拉對策室，夜神月為了救彌海砂，也為了自保，想到了一個絕妙的辦法。
同時，因為跟蹤報道“基拉”事件而風頭大勁的櫻花電視臺發生了一連出人意料的事情，主播高田清美（片瀨那奈飾）追蹤基拉的過程中發現了不為人知的秘密，隨即第三名基拉出現了......
兩個死神，兩本“死亡筆記”，三個基拉，一切撲朔迷離；兩個算無遺漏的天才，誰最終能夠洞悉事實的真相？誰才是“死亡筆記”上最后的名字？