琪琪（小芝風花飾演）是魔女柯琪莉（宮澤理惠飾演）和人類奧其諾（筒井道隆飾演）的女兒。在13歲的滿月之夜出發前往沒有魔女的城市修行一年，這是自古以來的規定，琪琪遵循這一規定，踏上了一個人的旅程。琪琪和她的小伙伴黑貓吉吉一起乘著掃帚，飛到了克里克這個被美麗的海洋包圍著的城市。琪琪一眼就愛上了這個充滿朝氣的港口城市，決定在這裡修行。
琪琪的落腳處，是與風車小屋相鄰的Guchoki麵包店。琪琪被麵包的香味吸引前往，而出現在她眼前的，是麵包店心地善良的老闆娘索娜和她的丈夫福庫沃（山本浩司飾演）。 “要一直保持笑容哦”，媽媽的這句話琪琪一直銘記在心，她開始了“乘著掃帚飛向天空”的送貨店。
第一個工作糟透了！琪琪接受少年蜻蜓（廣田亮平飾演）的委託，得意洋洋地前往送貨目的地，但蜻蜓其實只是為了研究飛天，想看琪琪飛天的樣子而已……因為無心之事，兩人的關係變得十分緊張。
由於第一個工作，琪琪非常地氣餒，但因為某件事，琪琪的送貨店引起了人們的關注。由于琪琪能在天空中自由地飛翔，她每天都接到很多委託。得意忘形的琪琪在小伙伴吉吉的告誡下，仍然過著快樂的修行日子。就在這時，克里克市發生了一件大事。為了解決這件事，需要琪琪的力量，但那時的琪琪卻因為某件突發事故，不能飛了。無法飛上天空的琪琪的內心糾葛。城市里人們的不安和擔心。琪琪究竟會怎麼做呢？琪琪還能找回笑容，繼續修行嗎？