鈴木財團最新的高級酒店落成，小蘭（黑川智花飾）、阿笠博士（田山涼成飾）、柯南（藤崎直飾；高山南配音）、灰原哀（柴田幸花飾；林原惠美配音）受到園子（巖佐真悠子飾）的邀請出席了隆重的開幕儀式。與此同時，“日本小姐”評選大賽慶功宴也在酒店同期召開，可就在此前不久，針對日本小姐獲獎者壽可憐（奈都紀飾）的威脅書送到了負責人的手中。當所有人都高度緊張的時刻，可憐突然失蹤，當她再次出現在眾人面前時，卻已被殺害，以提線木偶般的恐怖形象登場。詭異的是，柯南和哀在吃了某個蛋糕后神奇地恢復成工藤新一（小栗旬飾）和宮野志保（香椎由宇飾）的本尊形象。他們一面要追查殺害可憐的真正兇手，一面要準備與躲在暗處的黑暗組織展開對決……