《龍門飛甲》中各個人物的前世今生將在劇中詳盡呈現。相比電影版，《龍門飛甲》電視劇版劇情有重大變動，宮鬥戲加重。人物上，西廠督主雨化田變成了女兒身，與江湖小哥胡中玉(即電影版的風裡刀，也為陳坤飾)上演親姐弟“意外戀”。而高虎扮演的大反派??? 東廠督主戲份增多，他“父愛大發”，在劇中接連收養了包括西廠督主雨化田、妃子寶明玉、細作素慧容在內的三個義女替他賣命。劇中人物關係也極盡“混亂”，有親姐弟間的誤打誤撞戀、太監與皇后的不倫戀、太子和異國公主與土匪頭子的三角戀，導演還透露不乏女女戀的非典型情愫穿插在劇中。
      電視劇版《龍門飛甲》劇情相比電影做出較大改動，首先是人物上的增補，蔡晶盛介紹，劇中人物比電影人物更豐富，“是電影裡看不到的”，劇版將大筆著墨呈現人物的前世今生，為“戲說”版龍門。此外還有寶明玉寶貴妃(柳岩飾)、皇后(何佳寧飾)和皇上(黃閱飾)等新角色登場。樊少皇將沿襲自己在電影版中的角色，繼續在電視劇版裡飾演馬進良一角。此外，電影的重點放在江湖，而電視劇版《龍門飛甲》在此基礎上還將增加宮鬥戲比重，呈現江湖與宮廷勾結的橋段。