公元2194年，突然出現在宇宙中身份不明的敵人對地球發起了進攻，全世界的戰斗力量團結在一起抵御外敵。然而，人類所掌握的技術水平遠負于敵方，因此在敵方宇宙艦隊極具威脅力的攻擊之下，地球軍全線潰敗。敵人在世界各地投下了無數的游星炸彈，超過半數的人類死亡。五年后，即公元2199年。游星炸彈中的放射性物質地球造成了嚴重污染，那個美麗的青色星球已經無跡可尋，殘存下來的人們逃到地下生活。昔日的王牌飛行員古代進（木村拓哉 飾）已經退伍，為了回收資源而到地表進行搜尋工作。這一天，天空中出現了不明飛行物并落到了他的身邊。事實上，這個不明飛行物是一個通訊密封艙，來自距地球14萬8千光年的伊斯坦達魯星。據此，人們判斷出伊斯坦達魯星有清除放射能的裝置。地球聯軍在這個飛行器中找到了驅動器、波動引擎的設計圖，并將唯一一個殘留下來的戰艦改造為宇宙戰艦大和號。距離放射性物質毀滅人類還有僅僅一年的時間，為獲得解除這種威脅的裝置，古代進與船員們駕駛著大和號再度踏上旅程，偉大的戰斗即將打響…… 本片的演員陣容堪稱豪華，除木村拓哉外，還匯聚了黑木明紗、柳葉敏郎、緒形直人、西田敏行、山崎努、高島禮子、堤真一等新老明星。