霍格沃茨的第六個學年，魔法學校卻不再寧靜。伏地魔歸來的恐懼，不僅徽至苏麄�巫師世界，日益增加的邪惡力量，就連并不知情的麻瓜們也惴惴不安。正義與邪惡的大戰一觸即發，但鄧布利多校長（邁克爾·甘本）對哈利·波特（丹尼爾·雷德克里夫）的未來卻似乎有著格外的打算。鄧布利多堅信老朋友霍拉斯·斯拉格霍恩教授（吉姆·布勞德本特）對制服伏地魔至關重要，并成功說服霍拉斯重返學校，擔任魔藥課老師。而身份至今難辨的斯內普也終于如愿以償地當上了“黑魔法防御術”課程的老師，繼續“折磨”哈利。
除了憂心霍格沃茨隨時可能被攻破，繁重的課業也老讓哈利頭疼，尤其是魔藥課程。也許是老天聽到了他的陡妫�哈利無意中翻到了一本舊的魔藥課課本。書上每頁都有詳細的手寫注釋，上面還簽著它的前任主人“混血王子”的名字。雖然沒時間靜心研究此奇書，但神秘“王子”的筆記，卻總在關鍵時刻幫助哈利成為魔藥奇才，就連天資聰穎的赫敏（艾瑪·沃特森）也不得不甘拜下風。與此同時，鄧布利多用他的冥想盆向哈利展示了湯姆·里德爾（伏地魔的曾經姓名）的過去。他告訴哈利：伏地魔曾把自己的靈魂分成七份，并且將其中的六份藏入了魂器，想要殺死伏地魔，就必須毀掉存在于世的魂器。然而在取回斯萊特林的小金匣的過程中，鄧布利多卻因為喝掉了保護小金匣的藥劑而變得異常虛弱。
更糟的是，此時食死徒的黑魔標記卻出現在了霍格沃茨里。原來，馬爾福用魔法櫥柜把食死徒帶進了學校，而斯內普更立下了牢不可破的誓言，答應會在馬爾福的第一個食死徒任務中傾力相助。被藏在隱形衣下不能動彈的哈利雖然幸免于難，可鄧布利多能逃脫斯內普施下的“阿瓦達索命”咒語嗎？