講述古日本一個君不君臣不臣的時代，諸侯混戰，民不聊生，一名武士醍醐景光為了出人頭地、統一天下，而將自己即將出生的兒子獻祭給48個魔神。一出生就缺少了身上48個部位的幼兒，被狠心的父親視為怪物意欲殺之，善良的母親救下了他，并將他放入木盆中順流而下，后來被名為壽光的隱士所救，替他制作了義眼、義肢等補足了身上所缺乏的部位，命名為百鬼丸，并撫養他長大。壽光去世后，長大成人的百鬼丸了解到自己身體殘缺的原因，于是開始了斬殺魔神以便逐一收復被掠奪的身體部位，并探尋身世之謎的旅程。其間，百鬼丸遇到了自稱大盜的瘋瘋癲癲的少年多羅羅，多羅羅了解到百鬼丸的來歷后，為了得到他手中的寶劍而跟隨他一起繼續旅程……