2053年，突然出現的宇宙生命體侵略了地球，直接導致了地球上人口損失過半，在人類方面軍反擊作戰失敗之後，日本方面軍在富士基地展開了一項名為「Planzet」的最終作戰計劃。機動戰士駕駛員明島大志接到了死守作戰基地的命令，只許死守不准失敗，在這場作戰前夕，大志將自己的妹妹與家人送往安全的火星避難。事關人類生死存亡的「Planzet」最終打響了，大志面對著多於自己數倍的敵人勇敢的衝了出去，這場人類最後的保衛戰就這樣打響了……