淘氣小女孩雨果與父親賭氣後離開家，再次回到神秘世界尋找老朋友“啦啦”和“熊大叔”。在雨果和熊大叔、啦啦為重逢而喜悅之時，一個巨大的危機也悄然襲來，所有喝過水的生命都變小了。
原來是地下宮殿的鼠族首領番薯，偶然發現了遠古的預言，它在危機爆發前吩咐鼠民囤聚了活水，它企圖借助這個危機將其它生命變為鼠族的奴役。
在番薯的兒子米粒的幫助下，雨果、啦啦、熊大叔得知找到水的源頭可以解除危機，三個好朋友踏上了拯救家園的艱難旅途，一路之上，他們與鼠族軍隊鬥智斗勇，並與米粒和大臉怪成為了朋友。危機時刻，米粒讓番薯覺醒，他最終放下內心的仇恨，決定與神秘世界的族民共同守護美麗的家園……