新的學年開始，忍術學園的忍蛋們陸續回校，可是一年葉組的喜三太卻因未完成作業遲遲不出現。原來上學期末全學園的暑假作業都搞錯了，喜三太得到的是六年級的作業，其任務是偷出大間賀時城主的兜襠布。為了找回喜三太，園長命令霧丸、新兵衛以及其他年級幾名未完成作業的忍蛋前往營救喜三太。另一方面，大間賀時正與鄰近的黃昏城激戰，亂太郎等葉組的小忍蛋自告奮勇前往這兩座城池探聽敵情。新的學年，忍術學園全員出動，卻面臨著巨大的危機…… 本片根據尼子騷兵衛的原著漫畫《落第忍者亂太郎》改編，為同名漫畫的第2部劇場版動畫，真人劇場版也在同年上映。