總人口達230萬人，位于東京西部的巨大都市。在人口約8成是學生而因此被稱作“學園都市”的這座都市中，實施著引發扭曲世界法則的超常現象之力——超能力的開發。 接受特殊的課程Curriculum、獲得能力的學生們，經由定期的“身體檢查System Scan”，得到從“無能力Level 0”到“超能力Level 5”的6階段評價。 而立于其頂點、被贊譽為最強的，則是7名“超能力者”。 其中之一的御坂美琴。 自由操縱電力的“電擊使Electromaster”最上位能力者，別名“超電磁炮Railgun”的她，是就讀于名門貴族女校·常盤臺中學的14歲女子中學生。 她的學妹“風紀委員Judgment”白井黑子。黑子的同僚、憧憬大小姐的初春飾利，以及初春的朋友、熱愛都市傳說的佐天淚子。 和這些伙伴們一起度過的和平而又平凡、稍微有些與眾不同的學園都市日常生活，將要面臨一年一度的大型活動。 “大霸星祭”。連續開辦7天，由能力者們以學校為單位展開激戰的巨大體育祭。在此期間，學園都市的一部分將面向一般人開放，并將賽況向全世界轉播。這樣熱鬧的活動即將臨近，使得不論任何人都情緒高漲。但沒有人注意到，在這華麗的舞臺背后蠢蠢欲動的事物——。