巨神戰擊隊故事敘述阿空、阿靜、阿能、阿震、阿風和楊一擊等六位個性迥異的年青人，在曾受過軍事訓練的唐少校、柯娜和福伯帶領和幫助下，互相融合、互相接納、彼此學習，逐漸成長為擁有強大的愛心、超凡的意志及守護正義的能力的有為青年，組成了團結勇敢、戰無不勝的“巨神戰擊隊”。 六個年青人哂酶鞣N高科技神奇力量去對抗想要破壞并占領地球的邪惡勢力，他們不斷地迎接一次又一次挑戰，不斷地在戰斗中學習成長，在歷經無數次艱難險阻之后，最終在大家團結齊心的不懈努力之下，戰勝了邪惡力量，保護了地球的和平（劇中還會出現大機器人）。