故事發生在不久的將來，那時超能力者的存在成為理所當然的事情，然而他們與普通人的隔閡卻未完全消失，年輕的天才科學家皆本光一（20歲），肩負起照顧擁有最強超能力的三名少女的使命（幸福的男人？），這三個少女就是明石熏（10歲）、三宮紫穗（10歲）和野上葵（10歲），她們不分日夜，在內務省特務機關的超能力支援研究局（通稱BABEL）旗下從事著危險任務。不過，這三個人雖然可愛，但性格上很有一點問題（漫畫第一話名為《我們不是天使》，大家明白了吧）……皆本光一的任務就是引導她們走向正途，成為對社會有用的人才。但面對這三個超級早熟又任性的女孩，皆本每天都煩惱不已。