西曆2059年，計劃尋找新天地的銀河移民船團“macross frontier”上，一名以駕駛員為目標而努力的少年早乙女阿爾特感受到了前所未有的閉塞感。這個時候，位於銀河頂端的歌姬雪莉露·諾姆來到船團舉行巡迴演唱會，阿爾特以??及憧憬著雪莉露的少女蘭花·李當天都來到了會場。然而演唱會當中，卻突然遭到重機架生命體的襲擊。為了保護少女們??，阿爾特登上了最新型可變戰鬥機VF-25。在戰火烽煙的盡頭，傳說中可以震撼宇宙的“歌”以及糾纏著少女們的“迷”究竟是什麼……？

    西曆2059年，銀河移民船隊"超時空要塞F"正航行在宇宙群星之中。 《超時空要塞F-虛空歌姬》中，船隊中的平民少年早乙女阿爾特一直夢想能成為飛行員。

    銀河中最紅的歌姬謝莉爾·諾姆即將來超時空要塞F開巡迴演唱會。十分崇拜的謝莉爾少女蘭卡·李拉著阿爾特一起去看演唱會。誰料船隊突然遭到重機甲生物巴究拉的襲擊，危機時刻，為了守護少女們，阿爾特坐進了最新型變形戰鬥機VF-25