生活在京都的天童純是個不太有自信的十五歲男孩。父親七年前死于事故，此后純一直和母親兩個人過日子。這天，純在放學回家的路上被神秘魔物追趕，危急之中逃入一所古寺，僧人源云救了他。誰知純就此被帶往時空的彼方……恢復意識的純發現自己竟身處平安時代的京都。純從貴族那里聽說了關于“鬼”的事情。“鬼”使用各種妖術操控自然、危害人們的生活。而穿越時空而來的純正是能喚醒幻之大蛇、結束紛爭的“拯救之神子”。了解到自己的身份之后，純感到不知所措。鬼族少女水葉告訴純，“鬼”并不是惡魔，而是力圖與自然共存的人。哪一方說的是真話？我又該守護哪一方？在純的躊躇矛盾之中，人與鬼的大決戰臨近了……