戰后復興的東京，、少年偵探金田正太郎和他的“鐵人28號”一起解決了一個接著一個的困難事件。但是在戰爭中行蹤不明的正太郎的哥哥出現在了正太郎面前。（正太郎的哥哥也叫正太郎，故下面用SHOUTAROU代替）。為了戰爭而接受鐵人操控訓練后返回日本的SHOUTAROU卻得知了博士的遺言為“將鐵人留給弟弟正太郎”。而現在的日本也已恢復了和平，他的存在似乎變得毫無價值。但SHOUTAROU還是接受了這個現實，并向弟弟正太郎傳授鐵人的操縱技術。與此同時，東京埋藏著“廢墟彈”的事實也被暴露了出來，那是鐵人28號的開發者金田博士研制出來的最終兵器。如果這個武器爆炸的話，東京將化為一片灰燼。SHOUTAROU傳達了金田博士的另一個遺言：廢墟彈的所在地只有鐵人才知道……。于是正太郎一行人開始積極準備廢墟彈的回收處理工作。但卻突然出現了一個名叫“白晝的殘月”的復員兵人。他指責正太郎沒有持有鐵人的資格，并不斷的企圖殺死正太郎，干擾回收工作。現在，被鐵人和廢墟彈掩蓋起來的可怕事實正在慢慢變得清晰……