故事發生在《甲賀忍法帖》10年后的寬永三年。為天下之權斗爭的歷史背后、忍者集團甲賀與伊賀為了自己所效力的主人展開了一連串忍法殺戮戰爭，并在最終迎來了雙方全滅的結局──這場斗爭結束十年之后，寬永三年，甲賀五寶連所管束、擁有茅眼術操縱能力的少年「甲賀五郎」，與伊賀五花撰中能使用盾眼術的少女「伊賀響」終于相遇，他們以操縱超人之力、號稱成尋眾的神秘集團為目標，被卷入了一場一想不到的戰爭之中。