《Fractale》的設定中，為了管理世界而製造出來的「碎形系統」，是讓人類可以不需要工作就能生存下去的裝置，而也是人類史上首度進入了樂園的世代，就這樣過了千年之後……
時至今日仍持續咦鞯南到y，已經是誰也無法解析的狀態，大多數的人也堅信著就是因為系統持續咦鳎�才能夠帶來人類恆久不變的幸福。而故事就從碎形系統開始崩壞、某個小島開始……
每天散漫渡日的少年「格雷」，某日救了不知被什麼東西追趕而掉下懸崖的少女「芙露奈」，就在格雷為了與少女的相遇而雀躍之時，芙露奈卻只留下了胸針後消失，而依照著胸針裡留下的資料，格雷踏上了找尋芙露奈的旅程，同時也因此知道了關於「系統」的秘密……