未來的日本，有許多擁有“E”能力的能力者們，並未發現自己的超能力每天過著平常人的生活。
經常會搞壞自己周圍電器並為此煩惱的OL 美晴。某天，忽然在她身邊出現了數名男性，他們說美晴很危險並要把她帶走！這時，身著身上流動著虹色戰鬥服的少女2人組出現了，她們以槍和身體為武器，擊敗了意欲綁架美晴的男子們，原來兩人也是超能力者！她們分別是寡言的E能力者君塚麻織（17歲）和富有朝氣的E能力者海老原千波美（22歲）（第一部中的女主人公）
2人圍繞E能力者的開始向美晴展開介紹，原來2人屬於想讓E能力者適應社會的保護組織，而剛才的男子則屬於想要隔離E能力者的激進組織......< br />E能力者與普通人類到底能夠共存還是對立呢？大家拭目以待！